Elizondo se encuentra en la estribaciones occidentales del Pirineo navarro, a escasos kilómetros de la frontera con Francia y a una altitud de 200 metros sobre el nivel del mar Cantábrico. Es uno de los quince lugares del Valle y Universidad de Baztan que forma un Ayuntamiento único y es sede de la Casa del Valle que alberga el Ayuntamiento y las Juntas Generales de Baztan. Su núcleo principal se emplaza en el centro del valle geográfico, a ambas orillas del río Baztan o río Bidasoa que toma ese nombre en sus orígenes.
